При пієлонефриті болить в області попереку, частіше з одного боку, хоча біль може бути й оперізуючим. Цей біль зазвичай ниючий і може віддавати в бік, живіт, підребер'я або пах. 

Проблеми з нирками можуть проявлятися у вигляді болю в попереку, змін у сечовипусканні (часті позиви, зменшення кількості сечі, зміна кольору), набряків, загальної слабкості та підвищення артеріального тиску. Також можуть виникати нудота, свербіж шкіри, а при загостренні – озноб і підвищення температури. 

Біль у нирках зазвичай є постійним, локалізованим з одного боку ближче до ребер та може віддавати в живіт або пах, а також супроводжується змінами в сечовипусканні та загальним поганим самопочуттям. На відміну від цього, біль у спині через проблеми з хребтом часто зменшується при зміні положення тіла і може бути чітко локалізований вздовж хребта або в м'язах. 

При пієлонефриті біль локалізується не внизу живота, а в попереку, часто супроводжується високою температурою (38–39°C), ознобом, нудотою. При циститі переважає біль у надлобковій зоні й часті позиви до сечовипускання.